農產品收購發票可以憑借開具相關票據抵扣進項稅額。抵扣方式有以下幾種： （1）當月發票進項稅抵扣：可以根據銷售商按照規定開具的正確發票，把農產品收購發票上的進項稅抵扣在當月納稅申報表中； （2）累計抵扣：可以把農產品收購發票上的進項稅累計抵扣，若抵扣不夠本月的應納稅額，可以把剩余部分累計到下月申報，不影響本月納稅申報。 （3）財政政策補助：一些地區也可以根據財政政策補助，把農產品收購發票上的進項稅抵扣部分由政府補貼，由企業取得。 總之，農產品收購發票進項稅可以抵扣，需要按照規定和財政政策進行申報，保證抵扣真實性，確保納稅正確有效。