增值稅普通發票跨月作廢后，申請人應當在發票登記簿上注明作廢原因；申請人應當將作廢的增值稅普通發票存放，保管兩年。同時，需要在作廢增值稅普通發票上標明“作廢”字樣，并由負責收票的人簽字確認。