跨區預繳增值稅除了本地納稅人要按照本地法律法規繳納本地增值稅外，還要按照《中華人民共和國跨區域經營預繳增值稅管理暫行條例》實施外區跨區域經營預繳增值稅實施增值稅。跨區預繳增值稅主要由本地納稅人向縣（市、區）地方稅務機關申報和繳納，由地方稅務機關協調本地稅、外地稅等，把外地稅款及時轉給外地稅務機關，以保證本地納稅人遵守本地法律法規、正確完稅的要求。