公司注銷、重組時增值稅留抵稅額處理辦法主要有以下幾種: 1、增值稅稅收結(jié)轉(zhuǎn)，也就是進行稅收結(jié)轉(zhuǎn)，將增值稅留抵稅額由被注銷/重組的企業(yè)結(jié)轉(zhuǎn)到受讓方/新成立的企業(yè)，具體方式是：將原企業(yè)的增值稅稅收結(jié)轉(zhuǎn)賬戶由原企業(yè)調(diào)入受讓方/新成立的企業(yè)，然后在調(diào)撥時將企業(yè)的增值稅留抵稅額調(diào)關(guān)到受讓方/新成立的企業(yè)賬戶； 2、申請減免增值稅，也就是實行稅務(wù)存證制度，可以通過提供合法有效的證據(jù)申請減免增值稅； 3、實施抵稅辦法，通過提供合法有效的證據(jù)，在可抵扣稅費未清償情形下可以直接從稅費支出中一次性抵稅。 拓展知識： 增值稅留抵稅額的的申報程序中，若企業(yè)在每月的稅務(wù)系統(tǒng)做調(diào)整，要保證每月調(diào)整前后留抵稅額的數(shù)值一致，以減少稅務(wù)檢查時可能出現(xiàn)的糾紛。