是的，農民專業合作經濟組織仍需要匯算清繳。根據當前國家相關法律法規，農民專業合作經濟組織應當視不同性質的納稅義務實施不同的匯算清繳程序： 1、營業稅：農民專業合作經濟組織應在計算營業收入和納稅的全月最后一個工作日進行匯算清繳； 2、消費稅：農民專業合作經濟組織應在計算消費稅日期當月15日前匯總清繳； 3、增值稅：若農民專業合作經濟組織有應納增值稅，則要按月報送增值稅納稅申報表并匯總清繳，抵扣和申請退稅時也必須按規定報送增值稅納稅申報表。 總之，農民專業合作經濟組織要根據不同的納稅義務，按照有關規定報送資料，完成匯算清繳工作。 拓展知識：農民專業合作經濟組織必須報稅的各項業務包括但不限于營業稅、增值稅、消費稅、地方教育費附加、獨立分攤稅收和各項稅收減免等。