運輸客票發票可分為新版發票和舊版發票。新版發票是指2012年實施的《增值稅專用發票管理辦法》要求全面實行的電子發票。舊版發票是指我國政府實行自2011年4月1日起的《增值稅發票管理辦法》所規定的原以開具的紙質發票。據不同地區的不同情況顯示，在2012年1月1日前，個別地區仍未實施新版發票，需要開具舊版發票。2016年3月31日即將面臨全國范圍實行新版發票，在此之后舊版發票將逐步淘汰，發票開具將全面轉入電子發票的制度。