小規模納稅人代開的專用發票作廢后，可以向稅務機關申請退稅。申請退稅的流程如下： 1. 將作廢發票、申請表、稅務機關出具的稅款繳納憑證等相關資料提交稅務機關； 2. 稅務機關審核資料，確認無誤后，發放退稅憑證； 3. 持退稅憑證到稅務機關指定的銀行網點辦理退稅手續。