如果分公司和總公司在同一個市，所開的專用發票可以由總公司抵扣。這是因為根據《中華人民共和國發票管理條例》，企業從事營業活動的單位，可以在銷售貨物或者提供服務的銷貨單位的發票上開具發票，且當發票作為購買貨物、支付服務費等抵扣稅費的憑證時，用戶可以根據實際情況，由總公司或者分公司發票作為抵扣稅費的憑證。所以，在分公司和總公司在同一個市，總公司也可以使用分公司開具的專用發票進行抵扣稅費。