投入產出法是指根據企業生產或服務過程中的投入和產出的關系來確定企業實際經營活動的成本和稅額。農產品進項稅額核定扣除通過投入產出分析，可以把相關農業企業投入生產制造的農產品，具體根據農業企業投入過程中購買的相關農產品的成本來計算其中的增值稅核定扣除額。例如，一家農產品加工企業，其生產的某一類食品，根據其投入生產的原料花費的總金額，實付的稅款數額，計算出本次生產的增值稅可扣減的額度。