一般情況下，運輸公司負責繳納運輸費的印花稅。但具體情況要視貨物的運輸的相關規定、以及貨物的所在地所對應的政策來決定。比如，在中國大陸，進口貨物的運輸費印花稅由運輸公司負責繳納，而出口貨物的運輸費印花稅為貨物所在地的稅務機關負責繳納。在美國，運輸費印花稅則由貨物的收件人負責繳納。