印花稅的計算錯誤一般是由于雙方未按照規定的稅率和計算方式進行結算導致的，最好的辦法是及時對相關單據進行審核比對，如果發現錯誤，可以盡快進行糾正，或者申請稅務部門的補繳處理程序。例如，如果確認某筆交易未收取印花稅，可以盡快根據當時的法定稅率補齊其應交稅款。