甲方扣了質保金，乙方應當開票收入，根據《中華人民共和國稅收法》（貨物及加工、修理修配勞務稅法）的規定，質保金的收入屬于貨物及加工、修理修配勞務的收入，需要進行發票登記，歸入應稅收入中，可用于抵扣稅款。除了正常發票登記外，質保金也可以記在其他應收款里，但此時乙方必須在納稅申報時抵扣，以保證對稅款應稅性的完整性。拓展知識：收取質保金不僅可以增加發票登記金額，而且也可以增加企業的可用資金，使其及時補充原材料及產品，提高服務質量，提升企業的發展和提高競爭力。