應該把員工請假扣款放在應付工資前面。事實上，這是因為單位對員工請假扣款及時支出，這也是法律規定的要求。同時，為了保證單位SwiftPay系統的有效運行，也必須要把請假處理放在工資支出前面，以便在支出前，員工扣款就可以及時記錄并進入SwiftPay系統。此外，把請假工資支出前，也可以有效的防止員工惡意請假影響有效的勞動生產率。 總之，為了更好的實施單位的正常管理，及時準確的處理支出工資等事宜，把請假工資扣款放在應支工資前是比較有必要的。 拓展知識：從法律層面來看，對員工的工作和請假實行統一的扣款制度也有利于整體的管理，提高企業社會責任感，維護員工的正當權益。因此，單位應當遵循法律規定，建立完善的請假制度，嚴格監督員工請假扣款，以確保公司支出正常，各項制度有效落實。