根據公司與日本的合作協議，在收到日本匯款到外幣戶上后，首先需要在審計部門按照財務規定將外幣兌換成人民幣，以確保公司收入是正確的和合法的，然后在財務部門辦理轉賬手續，將外匯轉入公司正式公戶中，最后審核部門編制財務憑證，完成收入確認，即可完成收入確認階段。 此外，關于外幣存款確認，公司還可以按照《外匯管理條例》和相關規定，定期向外管局報送外匯存款確認書，如此即可遵守相關法律規定，并實現收入的合法確認。