對于已經認證的進項發票被要求作廢的情況，應該采取如下操作： 1、進項發票應當遵循國家稅務機關的規定，首先進行認證，查驗合法性，確保發票合法有效。 2、在發票被要求作廢時，應當利用財務系統，記錄發票信息和作廢原因，并上報財務管理部門，進行相關審核確認。 3、應當按照相關規定，停止繼續開具相應的進項發票，并刪除原有的發票表格，同時注銷已經認證的發票信息，做好正式發票的存檔處理。 拓展知識：發票作廢時，應當依據相關法律法規，持發票應當按照對方指定的方式進行，一般有以下兩種方式：一是由發票抬頭方憑借本人身份證件向稅務部門發起作廢申請；二是由收票方向稅務部門發起作廢申請。