首先，代開專用發(fā)票的企業(yè)應按照《增值稅暫行條例》（2006年修訂）、《中華人民共和國海關法》以及相關稅務政策文件，向海關報送《增值稅進口增值稅綜合申報表》，根據(jù)稅率定價、增值率和爆增率，每月申報銷項稅收，計算稅款支付額，支付稅收。 具體來說，小規(guī)模納稅人應按照《增值稅暫行條例》第四十一條規(guī)定，每月申報銷項稅收，計算稅款支付額，支付稅款時扣除的應納稅額（稱作“增值稅進口稅”）為： 1、免稅額：50萬元/月； 2、收入稅率：3%； 3、增值率：17%； 4、可抵扣稅：17% 5、爆增稅：17%。 此外，代開專用發(fā)票的企業(yè)還需交納城市維護建設稅、教育費附加、地方教育附加以及地方稅務局規(guī)定的其他稅費。 拓展知識：代開發(fā)票的稅收管理一般有稅務專員和會計，稅務專員需要掌握相關的稅收管理知識，了解增值稅的稅率定價、增值率和爆增率，以及城市維護建設稅、教育費附加、地方教育附加等稅費政策及相關的規(guī)定；會計需要熟練掌握電子發(fā)票與傳統(tǒng)紙質發(fā)票的開具過程，熟悉增值稅系統(tǒng)的運行，把握稅種、稅率、審核流程等。