小規模知識產權代理公司可以通過差額征稅的模式開具發票，但是有一定的限制條件。首先，代理公司需要持有稅務登記證或者從業資格證書；其次，在每一筆發票開具時，必須能夠證明，此次服務所涉及的稅收額都已經計入會計賬簿中；最后，發票和稅收繳款書必須同時傳送給稅務機關，以便核查。 小規模知識產權代理公司可以通過這種模式減輕稅收負擔，同時也可以拓展營銷渠道。在利用差額征稅的程序開具發票的時候，還可以增加客戶的滿意度，從而提高公司的知名度和綜合經濟效益。