自然人股東股權平價轉讓稅，一般由股東本人承擔。根據《企業所得稅法》第四十七條第一款規定，企業和其他經濟組織出資人股權及其他權益變動，應依法繳納稅款。根據《企業所得稅法》第四十七條第三款規定，企業和其他經濟組織出資人出資或購入股權、其他權益達到認定標準的，應當按照規定繳納轉讓股權、其他權益的稅款。股權轉讓的稅款一般是指自然人股東出資人股權及其他權益變動時，應繳納的企業所得稅，簡稱股權平價轉讓稅，由自然人股東本人承擔。 拓展知識：股權平價轉讓稅的征收是按照企業所得稅法第四十七條的規定執行的，股權轉讓稅是按照企業所得稅法第四十九條的規定執行。股權轉讓稅應當按照遞延所得稅稅率計算，一般以企業所得稅稅率減去十個百分點的稅率執行，但也有例外的情況。