答案是肯定的。根據《中國會計準則》及《證券投資收益項目會計處理規定》的規定，投資公司對甲公司擁有乙公司6%的股權的行為應將其計入交易型金融資產，取得的收益也應計入投資收益，若與甲公司約定三年后對方回購股權，不需要繳納增值稅，因為沒有實現實物轉移，只是價值增值，不存在增值稅征稅的必要。此外，投資公司還需對購買股權做好相應的發行證券、登記等事宜，確保投資法律合規，以及由此而取得的收益免受訴訟和損失的影響。