殘疾人工資加計扣除是按實發工資進行計算。實發工資即指經過個人所得稅、住房公積金、社會保險等扣減后的最終工資，而不是按計提的應發工資。殘疾人工資加計扣除對實發工資起作用，是指從殘疾人實發工資中再扣除一筆定額的費用，比如住房公積金、社會保險等，再將其工資網到殘疾人本人的帳戶或者家屬的帳戶中。 拓展知識：殘疾人的勞動報酬待遇，有規定要求，應實行等額報酬原則，即殘疾人和非殘疾人在同樣工種，同等技能，同等崗位，同等工作量、同等工作時間，工資要等額。若殘疾人比非殘疾人收入多，應由扣除適當的費用而不得減少或拒付殘疾人的工資。