殘疾人加計扣除的基數是應發工資數，即個人參保前應發工資數，不包括其他績效、獎金等個人所得收入。加計扣除是指在殘疾人參保企業負擔部分（養老、醫療部分）的基礎上，為殘疾人提供的稅收優惠政策，殘疾人每月累計可加計扣除的稅費費用累計不超過每月應發工資數的2倍，即個人參保前應發工資數的2倍。 一般情況下，殘疾人參保是按照現行基本工資標準乘以工作年限或參加工作年限來計算的，而殘疾人加計扣除是在此基礎上再調整而來的，主要是為了給殘疾人更多的財力支持。 殘疾人加計扣除對于殘疾人參保企業帶來很大的經濟壓力，因此殘疾人加計扣除的基數一般被設置在個人參保前應發工資數，即月度應發工資總數，從而使殘疾人參保企業的經濟負擔更加合理可行。 拓展知識：根據新修訂的《殘疾人就業保障條例》，殘疾人加計扣除的個人所得稅，按照月度應發工資的2倍來計算，但是不超過2500元，如果超過2500元，勞動者可以拿到2500元。另外，如果殘疾人為家庭主要經濟來源，可以在2500元基數上加減500元。