是的，當公司分公司獨立核算時，只要做匯算清繳，就必須在總公司匯總納稅，填寫申報時，應該把所有的數都是總公司加分公司的合計來算，以此來保證稅收準確無誤。 另外，匯算清繳是指分公司向所在地管理機關申報其上一財務年度所繳納稅款，除結轉稅款外，其余應納稅款應于申報期內由總公司統一匯總上繳，由本地稅務機關核實處理。匯算清繳是為了有效地控制分支機構的納稅行為，防止雙重征稅，保護納稅人的合法權益。匯算清繳的主要目的是統一實施稅收管理，確保稅收收支一致，減輕各分支機構的稅收負擔，防止雙重征稅。