按照《財政部 國稅總局關于修改部分關于小規模納稅人征收管理的規定的通知》的規定，小規模納稅人經營收入達到200萬元的，應當繳納水利基金，本案中小規模納稅人開具合計39萬元的發票，征收管理稅務機關應當按照小規模納稅人標準辦理，不用繳納水利基金。以上是小規模納稅人開具發票，是否需要繳納水利基金的說明，小規模納稅人需要注意做好稅收政策的遵守，以免發生不必要的經濟損失。 拓展知識：水利基金是指地方政府用來投資水利建設的資金，它的收入包括水利稅、水利專款和水利費等，而支出則是用來投資水利工程建設的資金，是政府歸集的一種收入。水利基金的收入有助于加快改善人民的生活條件，保障水資源的可持續發展，起到保護生態環境、改善水環境和發展經濟等重要作用。