對于第二次申請出口退稅，進項發票已認證但依然未稽核的問題，建議先要了解本企業的稅務稽核實際情況，比如稽核的時間、稽核的范圍、稽核的內容等，確定是否符合稽核的條件和流程，如果不符合，應及時向稅務機關說明情況，盡快和稅務機關溝通協調，及時準確提交有效的文件，確保稅務稽核及時完成。此外，還要督促自身納稅服務機構認真負責，確保準確無誤提交退稅申請材料，在稅務稽核中及時變更補全缺失的材料文件，避免不必要的稅務稽核時間延誤。拓展知識：企業在稅務稽核進行的過程中，要確保提交的申請材料及時、**齊全**、準確，以避免稅務稽核時間成本損失。