處理已抵扣的增值稅進項稅額因票據不合規的，需要依照《企業所得稅暫行條例》和《增值稅暫行條例》有關規定辦理，一般有兩種處理方式：一、自行申報重新計算稅額：若票據被發現有不合規的，則應重新按照有效票據的規定進行計算，計算后的稅額減去原抵扣的稅額即為實際應付的稅額，由企業自行申報納稅；二、稅務機關核實后重新計算稅額：企業應當把不符合規定的票據交給稅務機關核實，稅務機關審核完畢，如果發現確有不合規的，則將企業根據有效票據重新計算出來的稅額，減去原抵扣的稅額，即為實際應付的稅款，由企業及時繳納。 至于增值稅附加稅可根據不合規的票據的類型分別進行判斷，一般若是補開發票給供應商的，則企業需要根據應納稅額重新計算，以實際應納稅額為準補繳增值稅附加稅，未補繳稅款可以抵扣未來申報的稅款，如果是收到供應商補足票據后，需要把補繳稅款申報給稅務機關，加上追回利息，一起繳納。 總之，對于已抵扣的增值稅進項稅額因票據不合規的情況，企業應及時重新計算稅額，按照有效票據的規定申報納稅，并補繳相應的增值稅附加稅費。 拓展知識：從2020年1月1日起，稅務管理機關開展增值稅改革，取消進項稅額抵扣，由工商銀行直接代扣代繳，前減收的進項稅額和此前抵扣的增值稅進項稅額，將按照規定繼續存放到企業專用賬戶，再供使用。