免稅公司申報增值稅的操作步驟主要有： 一、 準備工作：1、檢查公司營業執照、免稅證書、納稅人識別號，收集營業收入、營業成本等信息；2、查詢最新的稅制變更情況，了解最新的納稅法規； 二、 登記增值稅：1、到稅務機關按照規定辦理稅務登記手續，拿到增值稅登記證書；2、填寫增值稅一般納稅人申報表，準備開具稅務發票； 三、 開票及申報：1、按照收入、成本等情況，核實營業稅總額，開具增值稅專用發票；2、登記發票，并按照稅務部門的規定申報增值稅； 四、 繳納稅款：根據具體情況，按期向稅務部門申報和支付增值稅； 拓展知識：根據增值稅法規，納稅人除了要完成上述步驟外，還需要每月進行核定申報，按期申報和繳納稅款，以保證增值稅計稅與實際繳納情況的一致性。