當購貨方拿到來自小規模企業的3%專票時，是否允許按照9%抵扣，這取決于購貨方本身是否是小規模企業。如果購貨方是小規模企業，根據《中華人民共和國企業所得稅法》的規定，小規模企業在購買有效的增值稅專用發票時，可以申請從增值稅中抵扣稅款，即按7%、9%或11%的比例抵扣，具體的抵扣比例取決于當地發布的政策。但是，如果購貨方本身不是小規模企業，那么就不能抵扣9%的稅款，只能按原來的3%來抵扣。 此外，為了更好地管理增值稅專用發票，國家還制定了一系列有關政策，要求企業必須建立一個完善且有效的增值稅發票管理制度，以確保發票的真實性和有效性。同時，根據《企業所得稅法》，購貨方開具的增值稅專用發票，在證明購買產品或服務費用的合法性、確定所需稅款抵扣稅額時，均視為有效憑證。