房地產開發企業預交土地增值稅的計稅依據是《中華人民共和國土地稅法》及其實施條例，以及《中華人民共和國土地稅暫行條例》（修訂本）第十一條的規定，即：“企業購買土地，準予預繳土地增值稅，增值稅的計算依據是：（一）企業購買土地時繳納的價款；（二）購買土地企業繳納的房地產開發企業抵扣土地增值稅形成的增值資金；（三）購買土地企業繳納的其他土地開發費用。”在政府通知中，按照本法第十一條規定，企業進行土地購買時需要預繳土地增值稅，增值稅的計算依據是企業購買土地時繳納的價款、企業抵扣土地增值稅形成的增值資金以及企業繳納的其他土地開發費用。 拓展知識：根據《土地稅法》第十一條，土地交易雙方都需要繳納土地增值稅，由土地購買人負擔土地購買方的土地增值稅，由土地出讓方負擔土地出讓方的土地增值稅。具體稅額由雙方協商決定，但不得低于法定稅額。此外，土地出讓方在交易完成后，還需要繳納土地使用稅，土地使用稅的計算方法是按照土地出讓價格的3%來計算，購買方不需要繳納稅費。