通行費電子普票上的車牌號碼是員工自己的，不是公司的，可以抵扣，但是受到所在公司的政策制定情況影響，抵扣程度和范圍不同。一般而言，通行費電子普票可以抵扣稅費，但是辦理過程中需要提供車輛購置稅證明，有效火車票或航空票報銷單，以及有效的發票等。同時，不同公司的政策也不盡相同，具體情況還需要咨詢您所在公司的專業財務部門或會計師，以確定報銷種類及報銷范圍。 此外，國家現行稅收政策中存在不少細節，需要企業充分了解，以便更好地把握抵扣機會，以降低稅負。企業還應定期檢查財務會計賬戶，確保和稅務機關的賬目記錄一致，以避免任何稅務問題。