根據《增值稅法》第三十七條的規定，增值稅納稅義務發生時間為發票開具日期，即甲公司上述事項中，增值稅納稅義務發生于9月15日，所以答案為B。此外，增值稅納稅義務發生的具體時間也不完全受收付款、貨物發出和收到的時間限制，其他納稅義務發生的時間也能夠成為增值稅納稅義務發生的時間。例如，甲乙雙方簽署合同，乙方提供服務，需要發出增值稅專用發票，乙方應在合同簽訂當日起20日內開具發票，那么此時增值稅納稅義務發生的時間便為簽訂合同當日，即9月1日，這也是上述題目中答案之一。