海關進口增值稅抵扣操作步驟如下： 1.確定可抵扣稅款類別：進口增值稅中可抵扣的稅種有進口關稅、進口消費稅和進口增值稅，所以在抵扣時，需要先確定抵扣的稅款類別； 2.填寫抵扣申請表：向稅務機關備案填寫抵扣申請表，填寫相關信息，包括抵扣稅款類型、發票種類、抵扣金額等； 3.繳納進口增值稅：根據抵扣申請表中的信息，通過紙質或電子方式向稅務機關報送進口增值稅繳款書； 4.審核繳款書和稅票：稅務機關對報送的進口增值稅繳款書和稅票進行審核，完成稅款抵扣功能； 5.開具抵扣憑證：審核通過后，稅務機關會將抵扣結果開具稅務抵扣憑證，以備報銷使用。 此外，進口增值稅抵扣還可以抵扣企業營改增相關稅費，企業在申報增值稅時，可以提交營改增減征稅款，經過稅務機關審核，申報增值稅時可直接抵扣相關稅款。