是允許抵扣增值稅的。根據《中華人民共和國稅收法》第十六條的規定，取得準予抵扣的增值稅專用發票的納稅人，可以在申報納稅的月份或者季度，按照稅收征收管理機關規定的程序，申請從應納稅額中減掉等額的增值稅額。因此，實際上由分公司來提供業務服務，開具增值稅專用發票的，發包方取得分公司的增值稅專用發票，可以抵扣增值稅。 在這種情況下，分公司應當按照稅務機關的規定認真履行合同，并及時向稅務機關申報繳納稅款。此外，鑒于實際上由分公司開具增值稅專用發票，開具的發票的真實完整與否，應當關注分公司的稅務備案等。