補交的增值稅，城建稅，滯納金分錄的具體處理如下： （1）增值稅應按照“應交稅款-增值稅”科目內進行明細分錄，貸方登記“收到的稅款-應交增值稅”，并記載補交的原因。 （2）滯納金分錄為“應交稅款-滯納金”，貸方登記“收到的稅款-滯納金”，并記載滯納金補交原因。 （3）城建稅也應按照“應交稅款-城建稅”科目內進行分錄，貸方登記“收到的稅款-應交城建稅”，并記載補交的原因。 拓展知識：企業納稅人在完成抵扣/轉出申報后，如發現應稅項有變動，應及時進行更正申報，并補繳應補退稅額，以書面形式登記更正申報，確保企業稅收負擔合理；如果延遲補繳應補退稅額，將會按照規定繳納滯納金。