房地產開發收到的預交款按照國家的稅收政策，應收增值稅額為發票金額扣除不可以增值稅項目（例如其他費用、抵扣及免稅項目等）后的應稅金額的稅率來確定，一般為6%，可以在考慮到合營開發的情況下有所區別，企業可以按照國家的實施稅收優惠政策，對納稅義務人根據不同稅種享受優惠稅率。 例如，房地產項目增值稅一般按照6%的標準來繳納，但在實施蹊徑促進政策的情況下，可以根據不同的發票金額來享受優惠稅率，如增值稅稅率可以由6%降低至3%，而合同訂立2年以上的房地產項目開發企業在收取預交款時可享受減半的增值稅稅率。 此外，房地產開發收到的預交款也會受到其他費用的影響，如倉儲費用、運輸費用、管理費用等等，這些費用不可以計入增值稅，因此有可能產生商品價值降低等影響。