是的，司機個人去稅務局代開運輸發票，需要繳納稅款。司機需要在稅務機關按規定的期限內，按照上期納稅申報書報出應繳納的稅款，以及收取本期發票時應繳納的增值稅、消費稅等稅款。為了確保營運發票準確繳納個人所得稅，司機可以到稅務機關繳納稅款，并根據相應收據等在發票上作出標注，憑此進行申報及核定。此外，司機還需要定期將所得稅和發票主管部門做出的款項匯總報告上交稅務機關進行審核，以獲得有效的稅收減免。 拓展知識：個人司機在代開運輸發票時，不僅需要交稅，還需要定期進行記賬。司機需要精確記錄本期發票的營業收入及相關的成本、稅金、利潤等，以便核算公司的月度收入利潤以及準確計算個人所得稅。