是的，三方協議付款的分錄是這樣做的。做分錄時，甲方先向乙方支付款項，用借：應付賬款-甲方，貸：應付賬款-乙方的方式做分錄。付款時，用借：應付賬款-乙方，貸：銀行存款的方式做分錄，乙方收到款項后，就完成了三方協議付款的分錄。 再說明一點，在三方協議付款的時候，為了保證各方利益，通常會添加幾項來保證分錄的正確性。比如，要求有收據，乙方收到款項后要提供收據，乙方需要書面確認收到款項；另外，乙方還需要提供財務證明，明確收到的款項，比如賬單、發票等，以作為分錄的憑證。