醫保違規扣款的賬務處理應該按照規范有條不紊地進行，包括向上級醫保管理機構申報、在會計憑證中進行記錄，每個步驟都應該十分認真。首先，醫院必須將醫保違規扣款情況和實施扣款的情況，按照上級醫保管理機構的規定，報送上級醫保管理機構，供其核查，待核查完畢，由上級醫保管理機構給予結果；其次，應進行立賬處理，在會計憑證中記錄，包括發生總額、金額、供應方、收入方等內容，以記錄本次違規扣款情況，留痕；最后，根據扣除金額，將扣除金額從相關方的賬戶扣除，并進行財務結算。 拓展知識：醫保違規扣款是指在參保人以及實施醫療服務的醫院和醫療機構違反《國家醫療保險條例》或《國家醫療保險支付規定》的情況下，上級醫保管理機構按照相關規定對參保人或者實施醫療服務的醫院和醫療機構等作出的財產處罰，或采取其他行政強制措施，從而實現損失的賠付。