根據《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》（稅務總局令第45號）第六十九條規定：單位實行工資獎金制度的，應當按照有關規定，由單位扣繳職工個人所得稅，并由單位向稅務機關申報、繳納。因此，單位代收到職工申請的住房補貼后應當扣繳職工個人所得稅，并向稅務機關申報、繳納。 拓展知識：在收入所得稅中，職工除了要繳納勞動報酬所得，還包括其他一些獎金和補貼，如獎勵性費用、補貼，補助等都屬于職工收入所得，需要個人所得稅。 此外，單位在扣繳個人所得稅時，除了要將職工應納稅所得額減去優惠額外，還要加上工資薪金的差額，也就是未扣繳的部分，并同時將兩部分加起來扣繳，這部分職工在報稅時需要提供憑證。