處理3月份開的兩張增值稅專用發票抵扣聯丟失的情況應該根據相關法律法規來進行處理。 首先，公司應當根據國家有關規定，當銷售方提供的發票存在錯誤或被弄丟的情況，應該及時向稅務機關申報，并重新開具發票。其次，根據《增值稅專用發票使用規定》，如果重開發票，則銷售方應當根據失票證明書正本，重新開具與原發票內容一致的增值稅專用發票。 此外，公司應加強對發票的管理，落實內部控制制度，加強內部管理，避免這類情況發生。應建立起完善的票據管理機制，做到及時開票，準確歸集，定期報稅等。同時，也應當加強紙質發票的安全性，以防止發票被拐走或被弄丟。 總之，處理增值稅專用發票抵扣聯丟失問題，公司應當堅持既要合規發票，又要保障發票安全。及時向稅務機關申報，重新開具發票，并加強內部管理等是關鍵。