處理賬上應交增值稅少交0.01的情況，首先需要判斷此種情況是否由于系統或工作人員失誤等原因造成的，如果是，則需要補齊差額，及時繳納增值稅，并及時辦理納稅憑證。如果是由于系統或工作人員失誤造成的，應及時向稅務機關提出補繳申請，并登記補繳事項，并做好相關的證明材料；如果不是由于系統或工作人員失誤造成的，則可以通過納稅申報來退稅。 拓展知識：應繳稅款的增值稅是由一定稅收基數算出來的，只要這兩個數字相差不足0.01，就可以由稅務機關下發減免稅通知書。如果實際繳稅款大于應繳款，則可以通過減免稅方式獲得退稅或補貼。