千元版發票的開票限額為999999.99。千元版發票屬于普通發票，根據《發票管理條例》規定，普通發票的開票限額是99999.99元，但是以發票代開或者電子發票為例，其限額放寬至千元，也就是999999.99元。 拓展知識：從2018年4月起，國家發改委正式實施《發票管理條例》，其中對發票的開票限額進行了明確的規定，規定發票的開票限額為99999.99元，若超過該金額，需要采取多聯發票或者通過其他形式（如發票代開或者電子發票）實施開票。