按照6月份實際開具的發票金額來計算，那么應該報6月份增值稅1000元，不包括7月份沖紅的100元發票。因為增值稅的計算要求是以實際開票的金額為準，而不是根據后期的發票沖紅情況來計算。 此外，納稅人在日常經營活動中，在7月份進行沖紅，需要等到稅收歸屬期結束后，才可以根據相關發票情況，提出申請銷售未計算增值稅，由稅務機關核實后，按照規定進行相關處理。