當電子普票的金額超過萬元時，需要進行紅沖的時候，處理方式是： 1、有權限的操作人員應將超過萬元的電子普票退回發票管理方，由發票管理方進行紅沖； 2、由發票管理方出具一張超萬元電子普票作廢證明，并及時將電子普票紅沖通知出去； 3、內部紅沖后，本單位應及時發出紅沖通知書； 4、發票管理部門還應及時將紅沖后的發票信息同步報送稅務機關，以便完成稅務管理任務。 另外，如果發生萬元電子普票紅沖，還可以充分利用電子稅務局的信息化服務，可以實現在線普票紅沖，節約事半功倍。