是的，可以分開。首先，要分開扣繳社保和增值稅的三方協議賬戶，首先應當向社保機構或者稅務機構申請三方協議賬戶，申請時需要提供所需的有關資料，如企業登記證明、營業執照等，機構核實資料后會給出注冊賬戶，每個賬戶對應一個三方協議賬戶。 其次，在賬戶分離時，可以在線下銀行上進行申請，也可以利用網上銀行系統進行操作，需要注意不同銀行上的費用標準，在進行賬戶分離時，要了解不同銀行的收費情況，此外，可以根據企業的收入情況，選擇適合自己的銀行賬戶。 此外，在分離扣繳社保和增值稅的三方協議賬戶時，需要注意企業在上繳社保的過程中，要確保和每一個社保機構的賬戶分離，并及時匯報社保機構，確保上繳過程的正常性，以及報稅完整性。 拓展知識：三方協議賬戶一般應用于企業繳納社保費用、報稅時，稅務機關要求公司通過三方協議賬戶繳付，以保證繳費款到達稅務或社保機關的準確性。該賬戶與銀行賬戶的區別是，它是企業自己開立的，不但能實現個人匯款，而且還能實現分部匯款，既可將資金保留在一個賬戶，又可分別匯款到各稅務機關或社保機關。