是的，可以修改專項附加扣除。通常情況下，經營者或納稅人可以根據實際情況及時修改專項附加扣除。但要注意的是，如果要修改，必須提供相應的修改憑證及證明，否則可能會影響企業減稅等業務。此外，如果公司幫助員工填寫專項附加扣除，還應遵守國家的稅收政策，比如增值稅及居民稅收，以及文件記錄要求。通過上述修改，公司可以有效控制成本，改善營運效率，實現企業減稅目標。