處理客戶把專用發票丟失的問題，首先要盡快聯系開發發票的公司，說明情況，請求發票抵扣復制；其次，應當告知客戶盡量不要重新開具新發票，由于重新開具專用發票往往會引起政府機構的關注，同時會降低客戶的信用度；最后，若無法獲得復制發票，可以出具備用發票來抵扣。 此外，平常在經營活動中應該采取有效措施以防止發票的丟失，包括定期審計發票核對，嚴格管理發票的使用和存儲，制定有效的發票抵扣策略等。