供應商開出來的專用發票丟失了時，應及時向稅務機關申報，并要提供相應的證據申報。首先，應當向供應商出具寫有“專用發票丟失了”字樣的書面聲明，該聲明由供應商簽字確認；其次，還應提供有關賬款沖銷，以及丟失發票項下的貨物收貨情況等有關資料。最后，在稅務機關審核確認了上述資料后，將正式按丟失發票的數量更正實際交易金額后，出具稅務登記表。 此外，為了避免發票丟失，建議企業在發票開具和使用上應制定科學的發票管理制度，把發票的收、開和使用等全過程進行規范、有序的管理，除了加強會計管理，還應有準確的查驗、賬務核查等措施，以免發票被盜用，從而造成稅款無法正常申報支付。