甲乙公司轉讓股權的個稅申報要根據實際情況進行申報，首先應查驗甲公司法人代表和股東的個人信息，包括姓名、身份證號等，并將其信息填寫到《個人所得稅納稅申報表》。之后，按照個稅申報程序，將甲乙兩方股權轉讓情況實質地列明在“減 免 稅 所 得 ”項 目中，申報轉讓股權所得個人所得稅，以及減免稅收入以及減免稅期間所得稅額。最后，按照個稅申報程序，審核申報的稅額，向稅務機關提出納稅申報。拓展知識補充：另外，為了保障甲公司上述股權轉讓活動正常進行，甲乙兩方還需要提前向稅務機關申報股權轉讓信息，以避免發生重大后果。