針對公司在注銷的過程中有200多的預付款發票沒開的情況，一般情況下，需要將這筆預付款記錄為營業外支出。但是在處理之前，首先需要認真了解這筆預付款發票為什么沒有開出。如果是由于供應商提供的服務或商品未滿足公司的要求，導致沒有開出應收發票，那么需要先與供應商拿回這筆預付款，然后再將營業外支出進行登記，這樣做可以維護公司的利益，以免因為預付款發票沒有開出而導致的損失。同時，還需要做好登記工作，及時將營業外支出寫入賬本，以備日后核對。