抵扣過的專用發票作廢的方法有兩種，一是物理作廢，即刮掉發票內的稅控代碼及發票號碼；二是電子作廢，在發票管理系統中對發票進行作廢，具體步驟如下： 1、登錄發票管理系統，進入發票查詢頁面； 2、在查詢頁面中查詢到要作廢的專用發票； 3、點擊發票項下的“作廢”選項，進入作廢頁面； 4、在作廢頁面中，需要填寫發票作廢原因，并點擊“確定”按鈕完成作廢操作； 5、完成作廢操作后，發票管理系統會提示“發票作廢成功”，表明發票已作廢。 在作廢發票的過程中，應注意遵守當地的稅收規定，確**程的合法性，以免遭受稅收風險。同時，要加強對發票管理系統的安全保護，以免發票被非法篡改或者盜用。